电视动画《极黑的布伦希尔德》是改编自日本漫画家冈本伦原作的同名漫画。
村上良太始终忘不了自己儿时意外害死的青梅竹马，为了完成两人的约定，良太 加入天文社不断寻找外星人。
某日，班上来了一个跟他青梅竹马长得一模一样的少女转学生 黑羽宁子，可是她却自称为“魔法使”，“魔法使”的她在研究所里被手术与药物作相关的肉体改造得到了特殊能力，但其代价就是只要一天不服用镇死剂就会死亡。
而研究所为了追回宁子也派回收者前往，面对逼迫而来的高位魔法使与镇死剂的枯渴，被死亡的恐怖所逼迫的二人，其选择的道路会是……。